知乎ユーザー・宇宙神牛による整理。許可を得て転載。
人吉孫竹博士がインド洋で怪獣ガゴンを発見する。
アメリカが広島に原子爆弾を投下する。ところが原爆は爆発せず、なぜか一人の赤ん坊が生まれる。のちに人吉孫竹博士に引き取られ、人吉爾朗と名づけられる。
人吉爾朗が笑美と遊びに出かけた際、体内の力が暴発し、騒ぎになる。
怪獣ガゴンが実験室から脱走。軍に押さえ込まれたのち、天弓ナイトに倒される。騒ぎを面白がって見物していた人吉爾朗は、天弓ナイトに救われる。小さくなった怪獣ガゴンは、少年・博之に拾われる。
天弓ナイトが超人課の陰謀によって誘拐・人質事件に巻き込まれる。人吉爾朗が天弓ナイトを見つけるが、体内の力が暴発し、天弓ナイトは死亡する。
ビートルズが来日し、日本武道館で公演。社会に大きな衝撃を与える。お笑い4人組がビートルズと偶然出会い、超人の能力を得る。
人吉爾朗が星野輝子に助けを求める。グロスオーゲンは爾朗と手を組んでS遊星人を倒したのち、S遊星人の体に入り込む。星野輝子が超人課に加入する。
日本各地に怪獣が頻繁に現れるが、そのつど超人たちがすぐに取り押さえ、大きな被害は出ない。その裏では、笑美がひそかに爾朗の血を日本怪獣電波に渡していた。同社は秘密裏に飼育している怪獣に爾朗の血を注入し、巨大化させ、凶暴にする。そうして怪獣は超人に退治されるのだった。
日本で「黒い霧」事件。妖怪の風郎太は蟲人の女王を救い出したあと、殺虫剤一本でその一族を皆殺しにする。風郎太が超人課に加入する。
人吉爾朗と輝子が日本怪獣電波を訪ね、小さくなった怪獣ガゴンを発見する。
羽田空港で爆発事件が発生。柴刑事は捜査中に人造人間メガッシン（女）と出会い、告白して相手の心を動かすも、結局は振られる。人造人間メガッシン（女）は湖底に沈む。
人吉爾朗は、日本怪獣電波がひそかに怪獣を飼育していることを知る。体内の力が暴発し、地下の飼育場を灰にする。
人吉爾朗の血によって怪獣ガゴンが再び巨大化。帝告に利用され、学生運動の道具となる。だが、その学生運動も超人課の策略に利用され、爾朗が怪獣ガゴンを殺す。
アースちゃんとジュダスの事件。アースちゃんは輝子の飴を食べ、夢を見るようになる。
風郎太がお笑い4人組に潜入する。
帝告がチョコレートにこっそり超人抑制薬を混ぜていることを、お笑い4人組が知る。4人組はチョコレートを破壊するが、不幸にもメンバーの一人が犠牲になる。
輝子がジン医師（怪剣クロード）のところで薬用人参を買う。この人参が、のちに輝子の闇落ちを促すことになる。
少年探偵BL団が登場。ルシファーの瞳事件。大鉄が天弓ナイトの仮面を盗むが、のちに爾朗が取り戻す。
ジャガーさんがIQという組織を壊滅させ、過去の自分を殺す。
怪剣クロードが登場し、米軍の潜水艦を破壊する。
怪剣クロードが病院の医師たちを虐殺し、輝子が闇落ちする。ソ連の宇宙飛行士が日本に落下し、その後死亡。爾朗は、天弓ナイトが超人課の策略にはめられていたことを知る。超人課の課長は怪剣クロードに肉体を破壊され、正体がフューマーであることを暴かれる。
クロードの組織と帝告が裏で煽った結果、新宿で大規模な騒乱が起こる。爾朗は騒乱のさなかに怪剣クロードを倒し、輝子は笑美に魔界の力を奪われる。アースちゃんは騒乱に巻き込まれ、破壊される。課長が三矢議員に憑依。改正機能秘密法案は否決され、ほぼすべての超人が犯罪者とみなされて国家の管理下に置かれる。爾朗が超人課を去る。
日本最強の不死身一家の事件。
お笑い3人組は超人課への加入を拒み、公演を続ける。
爾朗は大阪の博覧会場で天弓ナイトの仮面を盗もうとするが、課長ら3人のフューマーと遭遇する。爾朗は課長に救われる。3人のフューマーが爾朗の左腕に憑依し、爾朗は以後、体内の力を自由に操れるようになる。課長は死に際に、天弓ナイトは何の能力もない普通の人間だったと爾朗に告げる。
輝子が電車で爾朗と偶然出会い、グロスオーゲンは死んでおらず、S遊星人の体に憑依していたという真相を知る。
宇宙刑事の鷲巣がS遊星人の事件を調べに日本へ来る。柴刑事が闇落ちし、鷲巣を殺害。国家を敵に回し、以後、鋼鉄探偵・柴と名乗る。
宇宙人を殺す者が現れる。その正体は、かつてのガールズバンドのメンバー、遙アキだった。のちに爾朗に保護され、天弓ナイトの仮面を託される。
冬季競技大会の開催中、選手の頭に花が咲く事件が起こる。雨戸さんが解決する。
人造人間メガッシン（男）が帰国。鋼鉄探偵・柴の助けで女のメガッシンと再会。二体は合体するが、柴に従うことは拒む。柴は爾朗とのタイマンでぶっ倒される。合体したロボットは爾朗と行動をともにする。
爾朗が鋼鉄探偵・柴を仲間に誘う。
爾朗とジュダスが眠っているアースちゃんを見つける。ジュダスはアースちゃんを必ず直すと誓う。
日本で超人病が頻発する。原因はカナダ由来のセイタカアワダチソウ。ある父親（若村一勇）は超人病にかかり、娘を守るためにニンゲンマンに変身する。
爾朗は、帝告がクロードの仮面を複製していることを知る。その後、大鉄とやり合う。修理の済んだアースちゃんが、ジャガーさんの懐中時計を奪う。
デビラとデビロの事件。姉弟は人類を愛するがゆえに、自ら地球を去る。
超人病をなくすため、公共保安隊と帝告がカナダ由来のセイタカアワダチソウを焼き払おうとするが、ニンゲンマンに阻まれる。完全体に成長した蟲人の女王が地中から現れ、セイタカアワダチソウの花粉を日本全土にまき散らす。これによって、神化48年に超人が爆発的に増えることになる。
南極で氷漬けの鐵假面が発見される。
風郎太が、成長して復讐に執念を燃やす蟲人の女王に見つかり、殺されかける。風郎太が超人課を去る。
帝告が鐵假面を解凍する。立花総理は自分が超人だとうっかり明かしてしまい、その発言を録音していた里見に裏切られ、世間の評判は地に落ちる。アースちゃんがジャガーさんに懐中時計を返す。鐵假面は自由への旅に出る。
元IQメンバーの女の子が一人、帝告に捕らえられ、洗脳される。
アメリカの超人兵士ジョナサンが日本に逃亡し、爾朗に保護される。だがジョナサンは闇落ちし、上官に一発で殴り殺される。
柴と遙アキが、帝告の「NUTS」輸送列車を襲撃する。「NUTS」の正体はスーパーロボットで、その燃料はあらゆる生物を滅ぼすほどの汚染をもたらす液体だと判明。人造人間メガッシンが爾朗たちのもとを去る。爾朗はクロードのヘルメットを通じて、自分の正体にまつわる秘密と、天弓ナイトを死なせたのが自分だったという真相を知る。
里見はもともと超人課にNUTSを破壊させるつもりだったが、NUTSの操縦者がクロードのヘルメットに操られ、ロボット大戦になる。
里見がスーパーロボットを廃棄する。東﨑倫子は帝告を辞め、ミュージシャンになる。
帝告の映画『日本大予言』が公開され、反響を呼ぶ。これにより超人課が解散する。
笑美がマスター・ウルティマをぶっ殺す。その後、人間ではない超人たちを率いて沖縄の基地を占拠する。
帝告が超人の虐殺を始める。柴、アースちゃん、人造人間メガッシンらが倒される。爾朗は笑美たちに加わると応じ、世界に宣戦布告する。
沖縄大決戦。人間の超人たちと、人間ではない超人たちが激突する。爾朗はわざと負けて自分を犠牲にしようとするが、里見に阻まれる。里見の口撃を受け、爾朗はついに正義の超人となり、仲間と力を合わせて里見を倒す。最後には自らの存在を昇華させ、この世界と一体になる。別の世界へ通じる門が開き、人間ではない超人たちはすべてこの世界を去る。
超人の存在はすでに世間から忘れられている。それでも、この世界に残った超人たちは、それぞれの正義を実践し続けている。
FIN
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